2023年高等教育司工作的總體思路是：以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，全面貫徹、落實黨的二十大精神，把握高等教育發展的新定位、新部署、新要求、新任務，加快新工科、新醫科、新農科、新文科建設，以高等教育強國建設為目标，以全面提高人才自主培養質量為主線，以深入推進高等教育綜合改革試點為抓手，探索構建中國式高等教育發展模式，更好服務國家區域經濟社會發展。
一、推動高等教育體制機制創新和高質量發展
二、加強基礎學科人才培養，着力造就拔尖創新人才
三、實施系列“101計劃”，全面推進教育教學改革
四、全面深化“四新”建設，完善和發展人才自主培養新範式
五、深入實施數字化戰略行動，塑造高等教育改革發展新優勢
六、加強課程思政高質量建設，推動形成育人新成效
發展大學生文化素質教育，深入挖掘各類專業課程和教學方式中蘊含的思想政治教育資源，破解課程思政“表面化”“硬融入”問題。結合專業特點分類推進課程思政建設，将黨的二十大精神有機融入相關專業課程。細化普通本科專業類課程思政教學指南，完善專業類、專業、課程不同層面課程思政教學重點。推進課程思政優質資源數字化轉化和共享，用好示範項目和數字化資源，開展相關課程任課教師培訓，提升教師課程思政教學能力。
七、深化高校創新創業教育改革，增強學生“敢闖會創”素質能力
八、推動振興中西部高等教育走深走實，全面提升高等教育整體質量
九、加強直屬高校工作，加快推進一流大學群體建設
十、完善部省校協同聯動工作機制，形成高等教育高質量發展合力
十一、擦亮黨建工作特色品牌，推進黨建業務融合創新